ABSTRACT
We introduce a compartmental model SEIAHRV (Susceptible, Exposed, Infected, Asymptomatic, Hospitalized, Recovered, Vaccinated) with age structure for the spread of the SARAS-CoV virus. In order to model current different vaccines we use compartments for individuals vaccinated with one and two doses without vaccine failure and a compartment for vaccinated individual with vaccine failure. The model allows to consider any number of different vaccines with different efficacies and delays between doses. Contacts among age groups are modeled by a contact matrix and the contagion matrix is obtained from a probability of contagion pc per contact. The model uses known epidemiological parameters and the time dependent probability pc is obtained by fitting the model output to the series of deaths in each locality, and reflects non-pharmaceutical interventions. As a benchmark the output of the model is compared to two good quality serological surveys, and applied to study the evolution of the COVID-19 pandemic in the main Brazilian cities with a total population of more than one million. We also discuss with some detail the case of the city of Manaus which raised special attention due to a previous report of We also estimate the attack rate, the total proportion of cases (symptomatic and asymptomatic) with respect to the total population, for all Brazilian states since the beginning of the COVID-19 pandemic. We argue that the model present here is relevant to assessing present policies not only in Brazil but also in any place where good serological surveys are not available.
ABSTRACT
Objetivos: Descrever as caracteristicas clinicas e desfechos de pacientes com doencas hematologicas e com diagnostico confirmado de SARS-CoV-2. Material e metodos: Estudo de coorte retrospectivo, realizado em hospital publico terciario de Sao Paulo-SP. Foram incluidos consecutivamente pacientes adultos com doenca hematologica cronica entre 01 de marco a 01 de agosto de 2020 que apresentaram RT-PCR para SARS-CoV-2 positivo em swab nasofaringeo. Resultados: Foram incluidos 45 pacientes, com idade media de 56,6 anos e predominio de sexo masculino (56,6%). Trinta e cinco (77,8%) apresentavam neoplasia hematologica, sendo mieloma multiplo (22,9%), linfoma nao Hodgkin (20%) e leucemia mieloide cronica (17,1%) os mais frequentes. Entre os diagnosticos nao neoplasicos, observamos maior proporcao de anemia aplasica (30%). As comorbidades associadas mais frequentes foram cardiopatia (33,3%), diabetes mellitus (26,7%), tabagismo (15,6%) e doenca renal cronica (13,3%).A maioria dos casos teve origem comunitaria (77,8%) e desconhecia contato com caso suspeito/confirmado (82,2%). Os principais sintomas relatados foram febre (66,7%), tosse (55,6%) e dispneia (48,9%). Dois pacientes eram assintomaticos no momento do diagnostico, com pesquisa realizada na triagem pre-TMO.Quarenta e dois (93,3%) pacientes necessitaram de internacao hospitalar. Entre os pacientes internados, 26 (61,9%) necessitaram de admissao em UTI, 20 (47,6%) de ventilacao mecanica (VM) e 7 (16,7%) de terapia renal substitutiva. Quatro (8,9%) pacientes permanecem internados. A taxa de letalidade geral foi 37,8% (17/45) e entre os hospitalizados foi 40,5% (17/42). A taxa de letalidade no subgrupo de pacientes com neoplasia hematologica foi 40% (14/35). Cinco pacientes apresentaram coinfeccao bacteriana confirmada no momento do diagnostico da COVID-19, com letalidade de 80%.Entre os fatores de risco para obito, Diabetes Mellitus (p = 0,014) e Doenca Renal Cronica (p = 0,024) apresentaram maior frequencia. Presenca de choque (p = 0,005), lesao renal aguda (p = 0,005) ou insuficiencia respiratoria com necessidade de VM (p=0,009) no momento do diagnostico tambem teve relacao com obito. Identificamos maior proporcao de aquisicao de COVID-19 intra-hospitalar nos pacientes que foram a obito, com diferenca estatisticamente significativa (p = 0,004). Discussao: No nosso estudo, descrevemos serie de casos de pacientes com doencas hematologicas e infeccao por SARS-CoV-2. Observamos taxa geral de letalidade de 37,8%, chegando a 40% nos pacientes com neoplasia hematologica. Esse dado se assemelha as primeiras series de casos de COVID-19 em pacientes com neoplasias hematologicas, que encontraram taxa de letalidade variando entre 32,4-61,5%. Os sintomas iniciais e comorbidades mais frequentes foram semelhantes aos ja descritos na literatura. Diabetes mellitus e DRC foram observados com maior proporcao nos pacientes que evoluiram a obito, alem de apresentacao clinica mais grave no momento do diagnostico. Aquisicao intra-hospitalar de COVID-19 tambem foi mais frequente nos casos que evoluiram a obito. Conclusao: Encontramos taxa elevada de letalidade em pacientes com doencas hematologicas. Alem dos fatores de risco ja observados, a aquisicao intra-hospitalar de COVID-19 pode estar relacionada reforcando a importancia de medidas de prevencao de transmissao nos servicos de saude.Copyright © 2020